La idea de tener una bandera surge en el año 2002, cuando se unificaron la escuela y se formó la Institución Educativa. En el año 2004 se propuso un concurso para el diseño de la bandera y el escudo con la participación de las cuatro sedes que conformarían la nueva institución; la bandera que se adoptó fue diseñada por un grupo de estudiantes del grado noveno del año 2004. De las cuales se destacan: Carmen Irene Brausin Reyes y María Isabel González Marín

El escudo  de la institución es  de forma circular, con un círculo grande y  uno pequeño que simboliza la fortaleza y la unidad; fue diseñado por  el  docente Esmeraldo Isarias Mora de la sede San Juan Bosco en  el  año 2004.

Los colores tienen el mismo significado que  el de la bandera; se tuvo en cuenta el indio acostado el indio acostado ya que se ha  convertido  en un  elemento natural que identifica al municipio de San Juan de Arama, los cuatro aves simbolizan inicialmente  las  cuatro sedes que  conforman la institución, estas vuelan sobre la  esfinge del indio acostado en señal de libertad e iluminado por la luz de la sabiduría irradiada por el sol.

 La palma el otro elemento alegórico al Llano, esta se dobla un poco para dar paso a las  cuatros aves que  vuelan raudas al logro de las metas institucionales .
El libro es un elemento que  simboliza el estudio como eje central y  fundamental del proceso educativo, en  esta  sección  el  fondo es  de  color  blanco que  simboliza  que  somos territorio  de paz  en medio de  tanta  violencia.

CORO

SIGUE ADELANTE COLEGIO MANACAL

LUCHAREMOS PARA NO FALLAR JAMÁS.

PERSEVERANCIA, MUCHA CONSTANCIA

MANTENDREMOS UNIDOS A MANACAL.

I

  MANACAL HOGAR QUERIDO SITIO HERMOSO,

NUESTRO ANHELO SERÁ SIEMPRE PROGRESAR

AHÍ ESTAREMOS MUY ORGULLOSOS

DE ESTA CASA QUE TEMPRANO SE HIZO AMAR.

PARAISO PRIMOROSO DE ESTOS VALLES

EL RESPETO SERA SIEMPRE NUESTRA UNIÓN

CON LA FE EN ALTO,  CON LOS DETALLES

LUCHAREMOS HASTA ALCANZAR PERFECCIÓN. 

CORO

II

ORGULLOSO ESTARE DE MANACAL

COMPAÑERISMO Y HERMANDAD SIEMPRE HABRÁ,

DETENER MI LLANTO ES IMPOSIBLE

CUANDO DE NUEVO REGRESO A MANACAL

CON ORGULLO NUESTRO ESCUDO LLEVAREMOS

CON CORAJE EL MARTILLO EMPUÑARE

VOY TRABAJANDO, ME VOY FORMANDO

CON ORGULLO ESTE HIMNO ENTONARE.

CORO

III.

MANACAL ES UNA CASA SOSTENIBLE

EN SUS CAMPOS LOS CULTIVOS VI NACER

LOS ANIMALES Y MUCHAS AVES

MANACAL ES UN TESORO QUE ENCONTRE.

DOY GRACIAS A DIOS POR TODOS LOS DOCENTES

POR FORMARNOS ELLOS SIEMPRE LUCHARAN

TAMBIEN DOY GRACIAS A  ESTA FAMILIA,

EL PAÍS DE LOS SUEÑOS MANACAL.

LETRA: FABIAN M. QUINTERO (9º) Y  VICTOR A. GUERRERO (7º) del  año 2011 

Música y Arreglos: Maestro HEBER AVILA.